Příběh Třetího Shreka volně navazuje na ty předchozí. Ačkoliv by se mohlo zdát, že šťastný pár tvořící krásní, mladí a zelení manželé Shrekovi už by si mohl žít hezky v klidu a užívat společného života, tak tomu tak rozhodně není. Zbavili se sice zákeřné Kmotřičky víly a jejího nafoukaného a zlého syna Krasoně, tím však jejich dobrodružství zdaleka nekončí.
Problém je, že starý král Harold brzy odejde a někdo po něm musí převzít vládu nad královstvím Za sedmero horami někomu předat. Nástupcem trůnu by se samozřejmě měl stát manžel princezny Fiony, což je samozřejmě právě Shrek.
Shrek ale po kralování vůbec netouží. Proto se Fiona rozhodne přemluvit sbého bratrance, teenagera Artuše, aby se stal králem on. Nejdřív je ale potřeba Artuše najít. Na tuto dobrodružnou expedici se vydává nejenom Shrek, ale i jeho věrní přátelé Oslík a Kocour v botách.
Samotná Fiona má ale doma úplně jiné starosti. Volného království se rozhodne využít dříve neúspěšný Krasoň. Ten si najme armádu záporných pohádkových postav, pomocí kterých se chce násilím zmocnit vlády v království Za sedmero horami.
Fiona je ale nejenom princezna ale především zlobryně, a proto se Krasoňovi hrdě postaví. A není v tom sama. Pomůže jí totiž její věrné komenda svůdných princezen ve složení: Sněhurka, Popelka, Růženka a další.
